願修寺は創建から600年以上の歴史を持つ寺院です。
元々は真言宗の寺院として建立され、応永十四年（1407年）に禅宗に改宗されました。

永禄三年（1560年）、上杉氏と長尾氏の連合軍による小田原攻めの際に建物が焼失しましたが、後北条氏第三代当主である北条氏康の正室、瑞渓院が願修寺の薬師如来を信仰していたことから、小田原城内に薬師如来を勧請し、再興されました。

現在は、岩山レオ知実住職がお寺を守り、人々の心身の健康のための座禅プログラムを主催するほか、本堂の建て替えなど、時代に合ったお寺づくりに取り組んでいます。